Ursache von Erkrankungen der hormonproduzierenden Organe können chronisch entzündliche Veränderungen sein, die Autoimmun-Entzündungen. Das Immunsystem sorgt dafür, dass die Identität eines Organismus erhalten bleibt. Ständig wird im Körper überprüft, ob körperfremdes Material (z. B. Viren) vorliegt und dann werden ggf Antikörper gegen solche Partikel gebildet, um diese zu isolieren. Autoimmunität bedeutet, dass körpereigene Strukturen nicht richtig erkannt werden und das Immunsystem gegen körpereigene Strukturen Auto-Antikörper bildet. Wenn solche Autoantikörper Zellstrukturen belegen, an denen z.B. Hormonwirkungen vermittelt werden ( Rezeptoren) oder aber Zellstrukturen zerstören, die für das Überleben der Zellen notwendig sind, kann es zu einem Ausfall der Funktion oder aber selten auch einmal zu einer übermäßigen Funktion von hormonproduzierenden Organen kommen. Oft treten verschiedene Autoimmunerkrankungen zusammen auf, so dass auch immer an eine Assoziation verschiedener Autoimmunerkrankungen gedacht werden muss.